Некий научный Акселератор

События спин-оффа «Научного Рейлгана» сосредоточены на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. После потери значительной части способностей в результате спасения девочки по имени Последний Заказ, Акселератор проходит период восстановления. Однако его покой нарушается, когда он вынужден вмешаться в ситуацию с похищением Эстель Розенталь — девушки, связанной с клонами Мисаки.

Расследование приводит к организации «Дисциплинарное Наказание», которая рассматривает эсперов как угрозу и планирует их уничтожение. Группа использует нестандартные методы, включая применение роботизированных скафандров с останками погибших магов в качестве оружия. По мере развития событий масштабы угрозы становятся более явными, а действия организации начинают напрямую затрагивать безопасность города.

Акселератор, несмотря на ослабленное состояние и нежелание принимать роль защитника, оказывается вовлечён в противостояние. Его участие становится ключевым фактором для противодействия планам «Дисциплинарного Наказания». Сюжет строится вокруг его попыток остановить организацию, используя оставшиеся способности и опыт.