Чёрный клевер

В старшей школе Камоме появляется ученик по имени Ханако-кун. Он обладает способностью исполнять желания студентов в обмен на выполнение определенных условий. Его деятельность привлекает внимание главной героини Наны Ясиро, которая решает обратиться к нему со своей просьбой.

По мере развития событий выясняется, что Ханако-кун является одним из семи школьных тайн - сверхъестественных существ, связанных с учебным заведением. Нана Ясиро становится его помощницей в решении различных проблем, возникающих среди учеников и других таинственных существ. Вместе они исследуют школьные помещения и сталкиваются с различными сверхъестественными явлениями.

Сюжет раскрывает прошлое Ханако-куна и причины его пребывания в школе. Персонажи сталкиваются с последствиями исполненных желаний и разгадывают тайны, связанные с другими школьными загадками. Отношения между главными героями развиваются через совместное решение возникающих проблем и конфликтов.