Медуза не умеет плавать в ночи

Коеми Арараги является учеником японской школы, готовящимся к выпускным экзаменам. В прошлом он был вампиром, но смог преодолеть свои инстинкты и начал вести обычную жизнь. Его основная цель заключается в успешной сдаче экзаменов, однако случайно созданная им энергетическая воронка нарушает привычный порядок.

В результате инцидента в учебном классе остаются только Коеми и его одноклассница, с которой у него имеется история конфликта. К ним присоединяется ученица младших классов Оги Осино, племянница специалиста по сверхъестественным явлениям Мэмэ Осино. Трое учащихся начинают совместное расследование причин возникновения энергетической аномалии.

Параллельно с их расследованием различные потусторонние существа предпринимают попытки проникнуть в мир людей через созданную воронку. Учащимся необходимо не только установить источник проблемы, но и предотвратить возможные последствия проникновения этих существ в человеческий мир.