Меч Жёлтого императора. Бледное сияние

В 1967 году после уничтожения лунной исследовательской команды и захвата их корабля внеземными силами, Земля столкнулась с инопланетным вторжением. Эти существа, получившие обозначение BETA, начали захват территорий с целью порабощения человечества. Япония оказалась одной из немногих стран, сумевших организовать эффективное сопротивление и сохранить контроль над своей территорией.

В условиях военного конфликта на фронт направляется Юи - молодая женщина из рода самураев. Ей предстоит участвовать в боевых действиях против BETA, в ходе которых происходят изменения в ее психическом состоянии. В процессе службы Юи знакомится с другим солдатом по имени Юе, и между ними формируются товарищеские отношения.

В сюжетной линии Alternative действие происходит через три года после событий Muv-Luv Unlimited. Главный персонаж Такеру обнаруживает себя в своей комнате, осознавая, что был перемещен в прошлое. Он принимает решение помочь профессору Кодзуки в реализации проекта "Альтернатива IV", направленного на спасение человечества от инопланетной угрозы.